Al igual que La llamada de la selva, El lobo de mar cuenta la historia de un protagonista casero suave, en el caso de esta novela un hombre intelectual llamado Humphrey van Weyden, obligado a convertirse en resistente y autosuficiente por la exposición a la crueldad y brutalidad.
La historia comienza con él a bordo de un ferry de San Francisco, llamado Martínez, que choca con otro barco en la niebla y se hunde. Él está a la deriva en la bahía, con el tiempo de ser recogido por Lobo Larsen. Larsen es el capitán de una goleta sello caza, el Santo. Brutal y cínico, pero también muy inteligente e intelectual (aunque altamente sesgada en sus opiniones, ya que fue autodidacta), que gobierna sobre su barco y aterroriza a la tripulación con la ayuda de su excepcionalmente gran fuerza física. Van Weyden lo describe adecuadamente como un individualista, hedonista y materialista. Larsen no cree en la inmortalidad del alma, no encuentra sentido a su vida a salvar para la supervivencia y el placer, y ha llegado a despreciar la vida humana y negar su valor. Estar interesado en alguien capaz de disputas intelectuales, que tanto se encarga de Van Weyden, a quien llama 'joroba', mientras que lo que le obligó a convertirse en un grumete, hacer un trabajo de baja categoría, y aprender a luchar para proteger a sí mismo de un equipo brutal.
Un acontecimiento clave en la historia es un intento de motín contra Lobo Larsen por varios miembros de la tripulación. Los organizadores del motín son Leach y Johnson. Johnson había sido golpeado duramente por Larsen, y Leach había sido golpeado antes, mientras se ven obligados a convertirse en un remero, motivando a los dos. El primer intento es mediante el envío de Larsen por la borda; Sin embargo, se las arregla para volver a subir al barco. Busca a su agresor, se aventura en los dormitorios, ubicados debajo de la cubierta principal, siendo la única salida de una escalera. Varios, al menos siete hombres, toman parte en el motín y atacan Larsen. Larsen Sin embargo, lo que demuestra su inhumana resistencia, fuerza y convicción, logra abrirse paso a través de la tripulación, subir la escalera con varios hombres colgando de él, y escapar relativamente ilesos. Van Weyden se promueve como compañero, por había sido asesinado el compañero de originales. Larsen tarde obtiene su venganza por torturar a su tripulación, y constantemente afirmando que él va a asesinar a Leach y Johnson en su brevedad, siendo la temporada de caza que se hace, ya que no puede permitirse el lujo de perder tripulación. Más tarde se les permite que se pierdan en el mar cuando intentan huir en un barco de caza.
Durante esta sección, el Santo recoge otra serie de náufragos, incluyendo un poeta llamado Maud Brewster. La señorita Brewster y van Weyden se conocían con anterioridad, pero solo como escritores. Tanto Lobo Larsen y Van Weyden sienten inmediatamente atracción por ella, debido a su inteligencia y "delicadeza femenina". Van Weyden la ve como su primer amor verdadero. Él se esfuerza para protegerla de la tripulación, los horrores de la mar, y Wolf Larsen. Mientras esto sucede, Lobo Larsen se encuentra con su hermano Muerte Larsen, un amargo oponente. Lobo es secuestrado por varios de la tripulación de la Muerte que los obligó a la servidumbre para llenar sus propias filas. Durante una de intensos dolores de cabeza de Lobo Larsen, que lo inmovilizan, Van Weyden roba un barco y huye con la señorita Brewster.