Fantasma Negro é uma história que se passa no Paraguai e na Bolívia durante um período tumultuoso, no início da década de 1930, quando ouro negro é o nome do jogo, e uma guerra por procuração – Bolívia contra Paraguai – é travada em nome de sinistras empresas petrolíferas internacionais que querem, mais do que qualquer coisa, roubar os recursos naturais das duas pobres nações. Assim que os primeiros tiros são disparados no Paraguai, em uma guerra que terminará com a morte de cem mil homens por causa do ouro negro, uma fera perigosa espreita a terra selvagem e inóspita do Gran Chaco, matando o gado dos colonizadores que recém chegaram ao país sul americano, os Menonitas. Menno Pannabacker, um líder menonita, decide procurar a ajuda de seu amigo Tumpa González, um índio Guaraní local e rastreador de boa reputação, para caçar o animal, uma onça gigante chamada de Fantasma Negro. No entanto, o líder Guaraní, Chefe Barrios, está zangado com os Gringos, pois acusam um dos Europeus de assassinar um dos seus. Após muito debate, Pannabacker recebe a bênção do Chefe e, com González como líder do grupo de caça, eles embarcam em uma caçada para matar o Fantasma Negro.
Enquanto isso na Bolívia, uma expedição petrolífera americana, liderada por geólogos que estavam trabalhando para a Standard Oil de New Jersey, atravessa a fronteira para o Paraguai, onde havia a promessa de encontrar petróleo além dos seus sonhos mais loucos. Duas missões - uma por riqueza e outra por vingança – estão em rota de colisão enquanto ao redor delas uma ameaça de guerra total não está longe.