En dépit de l'approche imminente d'envahisseurs redoutables, la guerre civile sur Azten continue de sévir. Un avocat endosse le costume d'agent gouvernemental afin de neutraliser un ennemi omnipotent, avant de devenir rapidement leur cible. 
La bataille pour la justice ne connaît pas de dénouement, et comme est sur le point de l'apprendre à ses dépens Claymore, un avocat navino pourvu de quatre bras, on ne peut faire confiance à personne lorsque l'on veut faire le bien. Ainsi, il décide d'attaquer l'organisation criminelle qui infiltre le gouvernement en qui il a foi, même s'il doit agir seul.
À la suite de l'enlèvement de Shaylor, sa nièce, Claymore se met à enquêter sur une organisation obscure, conne sous le nom de Triple Dent. En investigant sur des cas de corruption et de rapts, il réalise que sa proie représente seulement une faction mineure d'un organisme colossal, à savoir Trident. S'en prendre à eux implique de tout mettre en jeu : sa propre vie ainsi que sa liberté.
Derrière  cette façade se cache Maître, dont les grands projets aboutissent à un conflit civil entre Trident et le gouvernement en vigueur. Les deux camps sont sous pression. S'ils ne parviennent pas à établir un compromis sous peu, leurs chances de venir à bout des forces alien extrêmement puissantes qui les menacent seront minces.
Claymore doit découvrir comment neutraliser Trident, mais les meneurs influents de cet organisme criminel sont déjà à sa poursuite. En collaboration avec des agents secrets opérant pour le gouverment, ainsi qu'avec tous les alliés qu'il peut rencontrer, Claymore doit trouver le moyen de saboter leurs appareils de haute technologie tout en évitant de se faire capturer.
S'ils l'attrapent, il sera trop tard.