La musica di Bach si contraddistingue per la complessità dell'armonia, dell'invenzione contrappuntistica e dello sviluppo dei motivi e per la sintesi originale che operò fra lo stile tedesco e le opere dei compositori italiani.[55] In tutta la sua adolescenza la produzione di Bach mostrò crescente abilità nell'organizzazione di opere complesse, basate sui modelli di Dietrich Buxtehude, Georg Böhm e Johann Adam Reincken. Il periodo 1713-14, quando un vasto repertorio di musica italiana si rese disponibile per l'orchestra di corte di Weimar, fu un punto di svolta. Da quel momento Bach assorbì nel suo stile alcuni tratti della musica italiana, caratterizzati da contorni melodici semplici, maggiore concisione ritmica e modulazioni più chiare. Ci sono diverse caratteristiche più specifiche dello stile di Bach. Nel periodo barocco i compositori che componevano secondo il gusto italiano (che insieme a quello francese dominava la musica "colta"), spesso scrivevano linee melodiche semplici, che venivano successivamente arricchite dagli esecutori con abbellimenti e passaggi improvvisati. Bach, al contrario, utilizzava una forma di scrittura musicale estremamente dettagliata e fiorita, che lascia uno spazio esiguo alla possibilità degli esecutori di aggiungere passaggi arbitrari. Questo può essere stato causato dall'interesse precipuo per il contrappunto, e per la sua chiarezza ed esattezza, che poteva essere messa a repentaglio dalle aggiunte improvvisate dell'esecutore[56]. Le strutture contrappuntistiche di Bach sono generalmente più complesse di quelle di Händel e della maggior parte degli altri compositori dell'epoca. Bach, diversamente dall'uso dell'epoca, in alcune opere come L'arte della fuga e l'Offerta musicale (con l'eccezione della Sonata a tre presente in quest'ultima, che è scritta espressamente per flauto, violino e basso continuo), non diede alcuna indicazione circa gli strumenti da impiegare, lasciando intendere la possibilità di esecuzione su strumenti diversi. Molto devoto alla fede luterana, Bach pose molta attenzione nella musica sacra e gli inni luterani furono alla base di molte sue composizioni. Il suo interesse per la liturgia lo portò alla realizzazione di composizioni sacre elevatissime sia dal punto di vista tecnico che da quello qualitativo.