Le recenti riforme del sistema universitario hanno avviato un percorso di integrazione europeo conosciuto come processo di Bologna, accendendo un intenso dibattito sui fattori di legittimazione dell'università. La scarsità delle risorse economiche e le problematiche di sostenibilità della spesa pubblica per l'istruzione terziaria tendono a ricondurre tale trasformazione entro un ambito di efficienza e di architettura dei sistemi di programmazione e controllo. In tale contesto, la governance rappresenta una delle principali leve attraverso cui perseguire il controverso equilibrio tra legittimazione ed efficienza. Il presente lavoro affronta il tema della governance degli atenei e dei relativi processi decisionali, attraverso l'originale applicazione degli schemi concettuali dell'economia aziendale ad un caso studio. I risultati mettono in evidenza come il grado di utilizzo dei sistemi di controllo nell'allocazione delle risorse si intersechi con le modalità di esercizio del potere nell'università. Inoltre, l'analisi converge nell'identificare la prospettiva degli organi di governo universitari nell'implementazione delle riforme, confermando l'eterogeneità e la complessità delle logiche di funzionamento degli atenei.