Le infezioni causate da micobatteri non-tubercolari (MNT), sono dovute a specie facoltativamente patogene  numerose nell'ambiente e ubiquitarie. I MNT sono presenti comunemente nel suolo, nelle piante, nella polvere e nell'acqua come saprofiti. Tali infezioni sono in gran parte quindi opportunistiche e non appaiono associate a contagio umano, diversamente da quelle da micobatteri patogeni obbligati, quali il M. tuberculosis e il M. leprae. L'infezione da MNT si contrae  attraverso l' inoculazione diretta di questi agenti dopo abrasioni, ferite infette, interventi con strumentario chirurgico contaminato, iniezioni a scopi estetici, mesoterapia, acqua non potabilizzata e  mediante punture di insetti vettori.